Développement d’un modèle expérimental pour étudier les interactions microbiote-hôte

1. Résumé du projet

Le monde microbien, largement invisible et mal compris, a un impact méconnu sur la vie, la planète et l’équilibre de tous ses écosystèmes. Il est urgent d’acquérir des connaissances sur la façon dont le microbiote interagit avec les animaux, les plantes et éventuellement les humains, car il façonne nos vies, via l’environnement, l’écologie, l’agriculture, les industries et la santé. Dans le cadre de ce projet, nous cherchons à mettre au point un modèle expérimental pour étudier les mécanismes qui régissent la relation entre le microbiote et son hôte.

Nous proposons de développer un modèle expérimental dans lequel nous pouvons tester des hypothèses et mesurer l’impact du microbiote sur la physiologie et le comportement de l’hôte. Le modèle sera conçu pour contrôler avec précision et en temps opportun la nature et la dynamique du microbiote tout au long du protocole expérimental chez l’hôte vivant, ainsi que pour en assurer le suivi. Il permettra également d’évaluer le comportement et la physiologie de l’hôte, suite à la modulation du microbiote. Enfin, lorsque l’hôte subit un stress, le modèle fournira des réponses mesurables de la réponse du microbiote.

Dans cette demande, nous nous concentrons sur le microbiote intestinal et avons choisi le poisson zèbre comme modèle animal. Nous combinons des méthodes de pointe en microbiologie, en génie moléculaire et en optogénétique pour contrôler et surveiller la dynamique du microbiote intestinal ainsi que son impact sur la physiologie du poisson zèbre. En particulier, nous examinons comment les virus bactériens (phages) interagissent et modulent le microbiote endémique du poisson zèbre, comment les outils optiques peuvent être combinés pour contrôler rapidement le microbiote intestinal, comment le comportement du poisson, la réponse immunitaire et même le développement du cerveau sont influencés par le microbiote, et enfin comment l’hôte module le microbiote.

Ce projet permettra de mieux comprendre les processus fondamentaux qui relient la physiologie de l’hôte au microbiote intestinal et favorisera le développement de nouvelles technologies en génie génétique, en imagerie optique et en virologie qui pourraient s’appliquer à de nombreux avancées académiques et industrielles.